文禄3年(1594年)、日親の法孫日受上人が、創建した福昌山と号する日蓮宗本法寺派の寺で徳川家康の息女良正院(高姫)の帰依を受け、慶長19年(1614年)旧地の西浜町より移ったと伝える。本堂は、享保年中(1716〜35年)、近衛関白家の寄進によるものと伝える入母屋造、千鳥破風のついた豪壮な建物で庭内には、豊公遺愛と伝える見事な牡丹5,6株があり200余輪の紅白の花を咲かせています。境内には、痔疾祈願の信仰がある秋山自雲(しゅうざんじうん)霊神が、祀られています。ちなみに洛陽十二支妙見めぐりの１２ヶ寺は★子（北）西陣の妙見宮（善行院）★丑（北北東）出町の妙見宮（本満寺）★寅（東北東）修学院の妙見さん（道入寺）★卯（東）鹿ケ谷の妙見さん（霊鑑寺）★辰（東南東）岡崎の妙見さん（満願寺）★巳（南南東）清水の妙見宮（日体寺）★午（南）伏見大手筋の妙見さん（本教寺）★未（南南西）未の方の妙見さん（法華寺）★申（西南西）島原の妙見さん（慈雲寺）★酉（西）小倉山の妙見宮（常寂光寺）★戌（西北西）鳴滝の妙見宮（三宝寺）★亥（北北西）鷹峯の岩戸妙見宮（円成寺）

五年に一度の法華大会(広学堅義:こうがくりゅうぎ)を始め経典の講義などに使用されるお堂で昭和31年(1956年)の焼失後坂本にあった讃仏堂を移築し本尊に胎蔵界大日如来を祀り聖徳太子、桓武天皇始め比叡山で修行した法然、親鸞、栄西、道元、日蓮などの各宗祖師の木造が安置されています。

比叡山延暦寺の総本堂でもある根本中堂（国宝）があり、伝教大師自作の秘仏の本尊薬師如来像を祀る宝前に1200年間灯り続ける「不滅の法灯」が光り輝いています。それぞれの一宗を開基された阻師像が安置されている大講堂、戒壇院、文殊楼、法華総持院、阿弥陀堂など重要な塔堂が数多く集まっています。

根本中堂は東塔の中堂(本堂)であるだけでなく延暦寺第一の総中堂(本堂)でもあります。延暦7年(788年)、伝教大師最澄は一乗止観院(現・根本中堂)を創建し自らが刻んだ薬師如来像を安置して比叡山寺と号しました。これが延暦寺の始まりです。現在の建築は徳川家光の命により復興されたもので寛永19年(1642年)、落慶法要が営まれその後大小の修繕が加えられ現在に至っています。桁行は11間(20m)、奥行6間(11m)で中堂の前庭をコの字型に約90mの回廊が取り囲んだ入母屋作りの壮麗な建築物です。中央の大厨子には秘仏の薬師如来像祀られ、その前には開創以来1200年間灯され続けている「不滅の法灯」があります。

慈覚大師円仁が中国五台山の文殊菩薩堂に倣って創建しましたが寛文8年（1668年）に焼け、その後建てられたのが現建築です。楼上に文殊菩薩が祀られ受験生の合格祈願にご利益があります。根本中堂前の石段を上がった所にあり比叡山の総門の役目を果しています。数えませんでしたが石段は「悟りには、52段階がある」という意義から52段あるとの事です。この高さは根本中堂の屋根と同じ高さだと言われています。

天台宗の僧侶が受戒する道場として重要なお堂です。戒壇建立は伝教大師の入寂後に勅許がおり第一世天台座主・義真の時に創建されました。内陣には本尊の釈迦如来坐像と僧形の文殊菩薩、弥勒菩薩が祀られています。

阿弥陀堂は昭和12年(1937年)の比叡山開創法要を記念して建立されました。本尊は阿弥陀仏坐像で全国の壇信徒、有縁各家の先祖を祀り念仏回向が日々行われます。

伝教大師最澄は、日本全国6ヶ所の聖地に宝塔を建立しました。「六箇所の宝塔」の中心をなすものとして貞観4年(862年)、慈覚大師によって創建されましたが、元亀2年（1571年）9月、織田信長の比叡山焼き討ちにより焼失した。400年以上たった昭和55年(1980年)に再建されました。上層部に仏舎利と法華経1000部、般若心経50万巻、100万遍の念仏名号を納め下層部の須弥壇には胎蔵界大日如来を中心に五仏が祀られます。

東塔より1km離れた西塔は山上で最も古いお堂で天台建築様式の代表とされる荘厳な釈迦堂、伝教大師の御廟である浄土院、弁慶の荷い堂と呼ばれる常行堂、法華堂や織田信長の焼き討ちを唯一免れた瑠璃堂など訪れる人達にやすらぎと神秘の世界へ導いてくれるのが西塔地域と言われています。

伝教大師の御廟がある浄土院は、弘仁13年（822年）6月4日56歳で入寂された大師の遺骸を、慈覚大師が仁寿4年（854年）7月ここに移して安置している比叡山で最も清浄な聖域とされています。現在も僧侶が生前と同じように大師の霊前に仕えています。厳しく戒律を守り十二年を一期とし籠山（ろうざん）して行に励んでいます。

渡り廊下でつながった阿弥陀如来を本尊とする常行堂、普賢菩薩を本尊とする法華堂を俗に荷い堂と呼ばれます。弁慶が渡り廊下を天秤棒にして両堂を担いだという伝説から荷い堂と称されたと伝わります。にない堂では四種三昧行という修行が行われる。四種三昧は常坐、常行、半行半坐、非行非坐からなり、常坐は90日間、食事とトイレを除き一日も休むことなく坐禅し続ける行であり、常行は90日間本尊阿弥陀如来の周りを歩き続ける過酷な行であると言われます。

西塔の中堂（本堂）で正式には天法輪堂と言います。貞和3年(1347年)に建てられた園城寺の弥勒堂を、織田信長の比叡山焼き討ち後、豊臣秀吉の命で文禄4年(1596年)に、ここに移築したものであるとされています。天台様式の典型な堂々とした風格のある建物で、延暦寺に現存する建物では最古です。釈迦堂と鎌倉時代に造られたという最澄自作の秘仏・木像釈迦如来立像は共に重要文化財に指定されている。

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